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自噬研究必须了解的分子通路及数据库

2016年的诺贝尔生理学或医学奖颁发给了日本科学家大隅良典,以奖励他在阐明细胞自噬的分子机制和生理功能上的开拓性研究。

自噬研究必须了解的分子通路及数据库

自噬,对大家来说都不陌生。如果你想做自噬而又缺少一些思路,说不定可以从分子及通路上面着手。那么今天给大家理一下自噬过程中的相关参与调控的分子通路,以及若干自噬相关的数据库。

在开始前,先强行科普一下自噬是什么很多心知肚明的小伙伴可自行跳过哦。

自噬,就是细胞降解回收自己零部件的过程;这个过程能快速提供能量和材料用于应急;还能用来对抗病原体、清除受损结构。

 

其次,自噬与细胞凋亡的关系?相信很多人都思考过。

凋亡是正常的细胞死亡途径,凋亡后,细胞必定死亡自噬只是细胞在高胁迫的环境中的一种应急机制,旨在为自身提供营养或者降解掉错误折叠蛋白等,不一定引起死亡

自噬发生的过程?

细胞质中的线粒体等细胞器首先被称为“隔离膜”的囊泡所包被,这种“隔离膜”主要来自于内质网和高尔基体;囊泡最终形成双层膜结构,即自吞噬体;自吞噬体与胞内体融合形成中间自体吞噬泡;最终自体吞噬泡的外膜与溶酶体融合形成降解自体吞噬泡,由溶酶体内的酶降解自体吞噬泡中的内容物和内膜。

自噬发生过程中最关键的是自噬体的形成,其大小约为 500 nm左右,囊泡内常见的包含物有胞质成分和某些细胞器如线粒体、内吞体、过氧化物酶体等。与其他细胞器相比,自噬体的半衰期很短,只有 8 min 左右,说明自噬是细胞对于环境变化的有效反应。

自噬有哪些通路及分子参与:

自噬研究必须了解的分子通路及数据库

在吞噬泡诱导过程中miRNA靶向的自噬相关通

Pathway Target Autophagy miRNA
Hypoxia NDRG2 activated MIR301A/B
PI3K-AKT-MTOR TGFBR2 inhibited MIR19A/B-3p
IGF1R activated MIRLET7I/MIR100
PTEN activated MIR21
MIR21 inhibited MIR451
RHEB activated MIR155
RICTOR activated MIR155/MIR15A/MIR16
RPS6KB2 activated MIR155
Ca2+-AMPK-MTOR IP3K2 activated Drosophila/mir-14
TRPM3 inhibited MIR204
TP53 TIGAR activated MIR144
CDKN1A activated MIR182
DRAM1 inhibited MIR199A-5p
SIRT1 inhibited MIR140-3p/MIR212/MIR34A
HMGB1 inhibited MIR129-5p/-141/-218/LET7F/-22
MAPK1/ERK2-MAPK3/ERK1 DUSP4/5 activated MIR26A
Translational  factors FOXO3 inhibited MIR182/MIR212/132
TFAP2A inhibited MIR638
STAT3 inhibited MIR17-5p
Mitophagy BNIP3L inhibited MIR137
FUNDC1 inhibited MIR137
UCP2 inhibited MIR214
CDKN1B  -CDK2-MTOR CDKN1B inhibited MIR221
Hedgehog Gas1 activated MIR148A
Others PSME4 inhibited MIR29B
ARC activated MIR325
UBQLN1 inhibited MIR200C

非编码RNA相关的自噬数据库

Database Name

Website

Autophagy Regulatory Network

http://autophagy-regulation.org/search  

The Autophagy Database

http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html  

ncRDeathDB

http://www.rna-society.org/ncrdeathdb/index.php  

GAMDB

http://gamdb.liu-lab.com/index.php  

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参考文献:

1. Van Cruchten S, Van Den Broeck W. Morphological and biochemical aspects of apoptosis, oncosis and necrosis[J]. Anatomia, histologia, embryologia, 2002, 31(4): 214-223.

2. The Emergence of Noncoding RNAs as Heracles in Autophagy.Autophagy. 2017 Apr 25:0. doi: 10.1080/15548627.

3. Simon H U, Haj-Yehia A, Levi-Schaffer F. Role of reactive oxygen species (ROS) in apoptosis induction[J]. Apoptosis, 2000, 5(5): 415-418.

4. He C, Klionsky D J. Regulation mechanisms and signaling pathways of autophagy[J]. Annual review of genetics, 2009, 43: 67-93.

来源: http://www.sci666.com.cn/33214.html

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