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文献解读:IGF2BP3是一个跨越多种癌症类型的潜在癌基因

摘要

N6腺苷(M6A)甲基化在多种生物学过程中起着重要作用。然而,关于M6A跨癌症类型重建的知识仍然缺乏。在这里,我们系统地分析了代表33种癌症类型的10000多名受试者中M6A调节剂的分子改变和临床相关性。我们发现,M6A调节器存在广泛的遗传改变,并且它们的表达水平与癌症标志相关通路的活性显著相关。此外,M6A调节因子被发现对预后分层有潜在的帮助,我们确定IGF2BP3是一个跨越多种癌症类型的潜在癌基因。我们的结果提供了一个有价值的资源,将指导对M6A调节剂在癌症中的作用的机制和治疗分析。

研究结果

 

文献解读:IGF2BP3是一个跨越多种癌症类型的潜在癌基因
图1

 

图1:M6A调节子的泛癌基因和表达变化。

 

A:M6A调节器示意图。

 

B:读取器、写入器和擦除器在M6A调节器中的比例。

 

C:M6A调节因子在33种癌症类型中的突变频率。

 

D:不同癌症类型间m6A调节因子的CNV改变频率。每个网格的上半部分显示缺失频率,下半部分显示扩增频率。17种癌症中M6A调节基因表达的改变。热图显示了折叠的变化,红色代表上调的基因,蓝色代表下调的基因。15种癌症中IGF2BP3在肿瘤和正常组织中表达分布的F盒图。

 

文献解读:IGF2BP3是一个跨越多种癌症类型的潜在癌基因
图2

 

图2:M6A调节剂与癌症通路的激活和抑制相关。

 

A:网络图显示了M6A调节剂和癌症通路之间的相关性。红色代表正相关,蓝色代表负相关。节点的大小对应于链路的数量。

 

B:通路的数量与单个M6A调节子相关。上面的面板用于正相关的通路,底部的面板用于负相关的通路。

 

C:M6A调节因子表达之间的相关性。散点图显示了WTAP和RBM15之间的相关性。D M6A调节剂之间的蛋白质-蛋白质相互作用。

 

文献解读:IGF2BP3是一个跨越多种癌症类型的潜在癌基因
图3

 

图3:M6A调节剂在不同癌症类型中的临床相关性。

 

A:M6A调节因子的表达与患者生存期关系的综述。红色代表M6A调节因子的高表达与较差的存活率相关,而蓝色代表与较好的存活率相关。仅显示p值<0.05。

 

B:不同癌症类型的风险比分布。

 

C:热图显示基于M6A调节因子表达的肾癌患者的聚集性。

 

D:按M6A调节因子整体表达模式分组的患者的Kaplan-Meier生存图。

 

结论

 

我们已经证明了RNA甲基化调节因子在癌症类型中普遍存在的遗传和表达变化。这些M6A调节因子与癌症通路的激活和抑制密切相关,也与预后相关的肿瘤亚型相关。总之,这种对M6A调节因子分子改变和临床相关性的系统分析为理解RNA甲基化失调奠定了重要的基础。它还将为相关治疗靶点的开发提供洞察力。

 

DOI:10.1186/s12943-019-1066-3

 

参考文献

 

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