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利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘

 
 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
大家好,继续分享数据挖掘神器。随着高通量测序技术的不断发展完善,大批量的基因组数据积累在数据库中,这个大家都很清楚。近些年,越来越多的证据表明samll non-coding RNA(sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。同样的,分析这些数据对物生物信息背景的研究人员而言存在诸多困难,这个时候我们就需要一款神器助攻了。

 

先看看大概长啥样,简洁干净清爽的界面,名字就叫SPAR,不是那个SPA。全称:Small RNA-seq Portal for Analysis of sequencing expeRiments

 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
 
分析公共数据集功能
 
这部分功能能帮助大家分析已有的 small RNA-seq数据集,这些数据集已经整合在一个数据库中了,分析非常常方便,下面可以演示下看看怎么操作的。 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
选择一个数据集后,点击一下 Analyze DASHR,就能看到以下的界面,发现结果已经出来了,还贴心的提供了分析结果的链接: 

利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
接下来白介素同学就点击一下结果链接可以发现: 

利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
稍微点进去看些结果,展示下这个逆天的功能: 

利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
随便点一个看下,都是可供下载的:
 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
再看下result部分的结果,全部分析中的结果文件都整合在这里,可以下载,都是txt, xls, 还有Rdata格式的文件,全部文件都可下载: 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
当然了,最简单的方式还是在这里,提供了完整的数据下载链接,分析报告等等等,可以打包下载,还有完备的htlm格式报告,方便用户浏览: 

利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
再看能得到的一些分析结果图吧,这些全部都是一次性给出在分析报告中的:
 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
这里白介素同学就不再多放了,大家可以自己去点击试下,非常简单,除此以外,另外两个数据库的数据集也已整合完备,可以直接点击选择分析:
 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
 
分析自己的数据
 
除了已有的公开数据可以直接分析,用户可以选择上传自己的数据进行分析,同样的界面非常简洁,只需要稍作点击选择即可:
 
利用small RNA-seq(SPAR)进行数据挖掘
 
说到这,基本上这个工具的功能就是这样了,白介素同学用过很多数据分析的工具,还头一次见到用起来这么顺手舒服的呢,长得又好看,又有才华。好了好了,介绍给大家,至少如果是samll RNA-seq的数据,有了这个,感觉那些公司的分析报告还比不上这个呢。还是老样子,每用一个工具,最后总要介绍下是何方神圣,该神器发表在著名的 Nucleic Acids Research杂志上,大家可以放心愉快的使用了吧。

内容分享完了,白介素2同学祝大家周末愉快!(抱拳抱拳)

➡附上参考资料文献:https://academic.oup.com/nar/article/46/W1/W36/4992647

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