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XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库

信号通路(signaling pathway)想必大家都不陌生,像什么NF-kB,WNT信号通路在各种课题研究中都是常客了。很多信号通路与表型密切相关,属于比较下游的信号通路,比如MAPK信号通路激活促进细胞增殖,因此我们在设计课题的时候常常会设计这样的思路:XX基因能够调节miRNA,而miRNA靶向信号通路中的某核心基因,从而调控信号通路但是这样的思路似乎有点不时髦了,现在大家动不动就要crosstalk一下,这个信号通路和那个信号通路crosstalk,这个基因和那个基因crosstalk。这些信号通路到底是怎么crosstalk的?到底谁是郭德刚,谁是于谦,傻傻搞不清。。。最后不得已只能在文献的苦海中遨游。。。

今天给大家介绍的这个数据库就是关于信号通路crosstalk的——XTalkDB(http://www.xtalkdb.org/),帮助大家识别信号通路之间的关系(基于文献报道)。

我就搜个WNT吧

XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库

一共39个crosstalk的结果,第一个结果中Adherens junction和WNT的关系,有激活有抑制。具体是个什么情况咧?看右下角的More details。

XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库
具体结果源于两篇文章,信号通路中的对应基因、是否是转录调节也列了出来。

XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库
最后还附上了一张有点CUO的示意图

XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库

数据库只是提供一个基础的方向,具体如何构建信号通路中的crosstalk,能不能依葫芦画瓢的设计课题,还是需要把数据库中提到的原文献好好看一看的。

在设计这样的课题的时候有没有什么套路呢?

1、首先找一个与疾病表型相关的信号通路(不知道有哪些就看疾病研究的大牛综述咯),然后用这个数据库搜一搜相关的信号通路。

XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库

2、再找一个上游的,感觉有那么点谱的(有文献报道过的)信号通路,然后扯扯看咯~

举个栗子:

Crosstalk between the IGF-1R/AKT/mTORC1 pathway and the tumor suppressors p53 and p27 determines cisplatin sensitivity and limits the effectiveness of an IGF-1R pathway inhibitor

据文献报道,IGF-1R/AKT/mTORC1 pathway在多种癌症中异常表达,并且能够促进肿瘤增殖,降低肿瘤化疗敏感性(下游)。既然是研究肿瘤化疗敏感性的,那扯扯p53总没毛病吧,顺便带上个p27。那这两者之间怎么个crosstalk法?就是你的课题研究咯~

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