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MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库

在前面给大家介绍miRNA研究小套路的时候,小鹿给大家介绍了华科出品的miRNA SNP V3数据库,不知大家是否已经找到门路了。小鹿今天给大家介绍的是另外一个miRNA SNP与疾病相关的数据库,哈尔滨医科大学李霞教授组出品的MSDD(miRNA SNP Disease Database),网址是http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/msdd/home.jsp
 
相关文章发表于2017年发表在Nucleic Acids Research。与之前不同的是,MSDD是经过人工整理的,从2000多篇论文里,收集到了涵盖182个人类miRNA、197个SNP、153个基因、164种疾病的525个association。
 
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
下面就由小鹿简单和大家介绍这款新工具吧。
 
进入网站后,页面如下,常用的有Browse、Search和Download部分,当然,也可以在Home页的“Quick Search”直接搜索SNP、Gene、miRNA和疾病名。
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
进入Browse页后,可以在左边的Browse by 看到有4个一级选项,Gene、miRNA、SNP和Disease,点击那个“+”号就可以看到里面包含的内容了。
 
小鹿给大家展示的图例,disease下面就包含了很多肿瘤类型。在右边的Table里,则包含了相关的信息,如文献的PMID、基因名、miRNA、SNP、Disease,还有SNP的位置,当然大家也可以通过点击detail查看详细信息。其中红色的三栏,大家都可以点击,然后自动跳转,PMID和SNP两栏会跳转到NCBI网站,
 
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
我们以detail为例,来看看,这里面包含了miRNA的序列和结构信息,等位基因信息、SNP序列、靶基因信息、SNP位置、相关的疾病、检验的方法以及检测的内容(组织or细胞系),其中重点解释一下里面的Dysfunction pattern,这个的意思是SNP对靶基因表达的影响,下调或上调。
 
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
如果大家在miRNA SNP V3里找到了一些有意思的SNP,想看看有没有人做过,就可以先来Search这里看看是不是有人已经做过啦!大家可以在这里设置不同的过滤选项来寻找自己要找的东西。比如实验的方法(这里其实也就是告诉了确定RNA上SNP常用的实验方法就这些啦)、SNP的位置等等。
 
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
需要提醒大家的是,搜索的时候要记得用规范的names哈,基因用Gene symbol不是其他ID类型,小鹿试了下字母的大小写没什么影响。
 
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
Download部分,使用起来也很简单了,点击箭头所示的“zip”“txt”或者人形图片里的红色点点或者右图里的词云都可以下载数据哦!
 
MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库
数据库的介绍就到这里。从数据量的角度来说,MSDD的数据量不是很大,但是它为我们至少提供了2个方便:
1. 方便我们检索某个SNP是不是已经有人做过了;
2. 方便我们检索miRNA SNP的相关文献,学习人家的套路和方法,也是个捷径啊!
 
祝大家能找到宝贝,发表好文章!

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