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高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路

今天给大家介绍的是miRNA的SNP的基础实验研究范式啦!
 
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
我们都知道miRNA是一种长度为21到23个核苷酸的RNA分子,当它结合到mRNA的3‘UTR区,从而促进mRNA的降解,调控基因的表达。但是当miRNA有一个或者两个碱基发生变异时,miRNA是否还能发挥正常的调控功能,这个就很难保证了。毕竟从miRNA就那么长,一个碱基就占了大约5%了。既然存在不确定,那么就需要我们去研究啦。
 
首先先给大家介绍一篇2009年发表在 Cancer Research 上的一篇文章,文章虽然老,但不妨碍我们学习了解研究的思路,而且可以站在新时代的角度继续发展嘛。
 
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
首先,他们发现了一个miRNA的碱基突变与乳腺癌的病人生存预后是相关的,OR <1,说明miRNA的SNP是个保护因素,而位于miRNA上游CpG区域的高甲基化,也就是说当这个miRNA低表达时是个保护因素,毕竟高甲基化会降低表达嘛。
 
因此,合理推测这个miRNA有可能是个搞事情的oncogenic role。这里笔者要吐槽的是,研究人员在table的下面表明研究校正了多种因素,但校正的太多了,因为一般而言校正的因素不能超过样本量的10%,也就是6个左右,但这里多达8个。
 
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
然后研究人员将野生型(miR-196a)和SNP型(miR-196a*)转染到细胞内,Precursor的两个柱子表示转染成功,两种类型的miRNA转到细胞内的量都相近。然后检测转录野生型miR-196a的时候,pre-miR-196a-C的量很高,而pre-miR-196a-T相对低很多。说明野生型的miR-196a才是成熟的产物。
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
然后研究人员用IPA展示了miRNA影响的基因的网络图。IPA,那可是比KEGG牛逼多少倍的存在啊,2019年了,我们都还用不起,人家10年前就用上了,有钱真好。
 
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
接下来作者展示了野生型基因的差异表达情况,可以清楚的看到很多野生型也可以影响调控的基因,SNP型就不能影响了,说明miRNA上碱基的保守性对于基因表达的调控真是非常重要了!
 
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
文章的最后研究人员展示了野生型和SNP型对细胞周期的影响。
 
高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路
整篇文章就这么区区几张图,站在2019年来看这篇2009年的文章,那真是水到不行,毕竟大家的科研水平都提高了嘛。不过我们还是可以学到思路是:我们可以先找到并检验miRNA的SNP,然后检验下游基因的变化,从而影响细胞的功能变化,如何做下游的机制呢?显然又回到了酸菜教给大家的研究miRNA和基因的套路上来了。
 
但巧妇难为无米之炊啊,miRNA的突变怎么找呢?别着急,我们马上会给你介绍个神器的!

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