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从疾病、定位和机制角度研究ncRNA的在线工具

今天来介绍三个好用的工具,分别帮我们解决三个关键问题:

  1. 从疾病到ncRNA;
  2. 查询ncRNA的细胞定位;
  3. 查询RNA-RNA以及RNA-蛋白等互作模式。

1. 非编码RNA与疾病的数据库:MNDR v2.0

网址:http://www.rna-society.org/mndr/index.html

从疾病、定位和机制角度研究ncRNA的在线工具

我们可以查询非编码RNA和疾病的关系,根据疾病、非编码RNA和物种浏览:

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比如ALL:

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就可以直接看到相关的非编码RNA:

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也可以下载后查看。

2. 查询ncRNA的细胞定位: RNALocate

网址:http://www.rna-society.org/rnalocate/index.html

从疾病、定位和机制角度研究ncRNA的在线工具

可搜索可浏览,比如搜索功能:

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以lncRNA malat1为例搜索:

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这里展示了MALAT1在各不同的组织里面的定位,还有细节信息,比如:

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其中的sequence序列和network功能非常好用:

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浏览功能同样强大,可根据定位、物种和RNA类型进行:

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比如外泌体:

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3. 查询RNA-RNA以及RNA-蛋白等互作模式:RAID v2.0

网址:http://www.rna-society.org/raid/index.html

从疾病、定位和机制角度研究ncRNA的在线工具

同样搜索和浏览功能都很强大,比如浏览功能查看与lncRNA MALAT1作用的分子:

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结果里面既有microRNA,又有蛋白:

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并可以分别查看与microRNA和蛋白的结合序列:

MALAT1与hsa-miR-9-5p:

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MALAT1与EZH2:

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当然,浏览功能也很强大,根据作用类型、检测方法和物种都可以:

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比如大家感兴趣的circRNA与microRNA结合:

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lncRNA与蛋白/microRNA的结合:

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根据实验手段和物种浏览我们就不介绍了:

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ref:

  1. MNDR v2.0: an updated resource of ncRNA-disease associations in mammals.Nucleic Acids Res. 2017 Nov 2.
  2. RNALocate: a resource for RNA subcellular localizations.Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D135-D138.
  3. RAID v2.0: an updated resource of RNA-associated interactions across organisms.Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D115-D118.

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