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对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

之前,笔者给大家分享了掌握这个思路,发篇5-10分的文章并不会太难,在这两篇文章中,研究者多次运用生物信息学方法进行预测,甚至第一篇文章明确指出,科研灵感就是来自于数据库。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

通过三个网站对NLRP3蛋白序列进行分析预测,作者找到了会发生苏木化修饰的位点。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

那么今天,笔者就和大家一起看看这三个强大的数据库。以第二篇文章的NEMO蛋白为例,文章报道的是SENP6促使NEMO的K277位点发生去苏木化。

SUMOplot

首先,通过uniprot网址找到Human NEMO的SwissProt为Q9Y6K9。随后进入SUMOplot网站,网址为:http://www.abgent.com/sumoplot,在图示的位置填入NEMO的SwissProt号。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

点击submit,即可看到在NEMO蛋白上存在一些容易发生苏木化修饰的位点(Score值越高,表示概率越大),其中K285和K277位点发生修饰的概率最高

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

 

JASSA

首先进入JASSA网站,网址为:http://www.jassa.fr/。同样在图示的位置填入NEMO的SwissProt号。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

点击submit后,可以看到清晰的分析结果:K277和K285位点发生苏木化修饰的概率最高。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

 

GPS-SUMO

首先进入GPS-SUMO网站,网址为:http://sumosp.biocuckoo.org/。随后选择WEB SERVER一栏,在预测的界面输入NEMO的蛋白序列(主要是FASTA格式),在图示的Sumoylation栏中选择High。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

点击submit后,即可获得预测的结果。可以看到,NEMO容易发生苏木化修饰的位点依旧是K277和K285位点。

对蛋白序列进行分析预测的网站(SUMOplot、JASSA、GPS-SUMO)

结合这三个苏木化预测的数据库,我们就可以轻松的找到课题以及相应的机制,如此事半功倍的科研利器,此时不用,更待何时。

来源: http://www.sci666.com.cn/23792.html

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