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利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

今天我们来介绍一下circRNA的引物如何设计,以这篇文章(CircPrimer: a software for annotating circRNAs and determining the specificity of circRNA primers.BMC Bioinformatics. 2018 Aug 3;19(1):292. )介绍的工具CircPrimer为例进行说明,如果大家以后用到了,可以引用这篇文章。

首先我们打开BIOINFCenter of Clinical Laboratory Science, Jiangsu Cancer Hospital)的网址:http://www.bioinf.com.cn/,

利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

在上图中我们选择CircPrimer可以进行下载:

利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

在download中可以选择circPrimer.zip或者circPrimer.rar格式的软件,也可以直接下载中文说明书。

 

需要说明的是,这个软件的对应的物种是human,如果你研究的是小鼠,那可以下载CircPrimer(mmu),即上图中右侧的选项:

利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

软件下载后打开界面是这样的:

利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

关于具体如何使用CircPrimer软件,官方给出了9页的中文说明书,大家根据说明书直接使用即可:

利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

我们看到这个软件的功能包括了:

(1)注释环状 RNA 的外显子和内含子构成

(2)图形化注释环状 RNA 序列在亲本基因中的功能

(3)检索 circBase 中的环状 RNA

(4)获得环状 RNA 的剪切序列和基因组序列

(5)辅助设计环状 RNA 背靠背引物

(6)辅助设计环状 RNA 引物跨剪切位点的引物

(7)测验引物的特异性

(8)图形化显示引物在环状 RNA 中的位置

(9)将序列转换为反向互补、反向和互补序列

详细的操作流程可以直接看中文说明书:

利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

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利用BIOINF设计circRNA的引物并检测其特异性(含中文操作教程)

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好了,大家自己去下载使用吧。

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