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通过G-DOC与LOGpc数据库来寻找GEO数据

今天给大家介绍的是——大家心心念念的整理归纳了GEO临床数据的网站乔治敦癌症数据库(G-DOC),网址:
https://gdoc.georgetown.edu/gdoc/
G-DOC是一个精准医学平台,其中包含来自一万多个患者和细胞系的分子和临床数据,以及用于分析和数据可视化的工具。该平台可对多种数据类型进行综合分析,以了解疾病机理。现在小编开始教大家如何使用。

首先需要注册用户才能使用,非学校邮箱也可以注册。

选择一项自己需要的研究

如图所示,小编选择了一个含有561个病人的肺癌数据集。

(PS:研究页面具有数据集的简介,还有GEO数据集的链接)

选择下载临床数据

还可以根据自己的需要自定义筛选目标病人(根据肿瘤分级、吸烟情况)

如下图所示,网站将病人的临床信息整理好了,左下角直接download整个临床数据表。

GEO数据库最麻烦的地方就是临床数据的整理,网站一共有61个整理好的数据集,大部分都是来自GEO数据库的,需要的同学可以利用TCGA的数据分析,再利用这个网站的数据进行验证。

除此之外,LOGpc数据库(http://bioinfo.henu.edu.cn/DatabaseList.jsp)也整理归纳了TCGA和GEO的数据,但不能直接下载收集的临床数据,只能选择对应的GEO数据集对单个基因进行生存分析。自己可以根据网站显示的GEO序列号在GEO数据库里搜寻,自行下载对应的临床资料。

以上图GSE76021为例,在GEO数据集检索,查看GEO数据集对应的文章。

阅读文章,提示附录表1收集了病人所有的临床信息。

下载附录表1,如下图即为该GEO数据集的临床信息表。

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