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利用PTMD数据库研究蛋白翻译后修饰(PTM)与疾病

我们知道各种翻译后修饰(PTM)通过调节蛋白质功能来参与许多生物学过程, 并且PTM的异常经常与人类疾病有关系。在很多研究中我们都要用到与疾病相关的PTM,下面我们来介绍一个数据库,帮助我们快速获取与人类疾病相关的翻译后修饰—PTMD

http://ptmd.biocuckoo.org

在具体使用上,可以通过PTM和疾病类型这两种方式进行浏览。

然后我们点击磷酸化图标,可显示相应的PTM类型,包括去磷酸化,丝氨酸磷酸化,苏氨酸磷酸化和酪氨酸磷酸化,以及所有蛋白质底物。

 

通过疾病搜索我们以乳腺癌为例,结果显示了乳腺癌所有相关的PTM底物

 

然后,我们通过单击UniProt登录号“Q9YJ2” 可以显示PTMD数据库中人EPB41L3的详细信息,包括蛋白质信息,PTM-疾病关联,疾病交叉注释,PTM位点和蛋白质-蛋白质相互作用

同理,对磷酸化搜索也可以得到这些信息。

另外,数据库提供了三个额外的高级选项:i)高级查询,(ii)批量查询,(iii)BLAST搜索,我们可以使用一个或多个关键字直接搜索数据库,可以输入最多三个搜索词来进行高级搜索,可以逐行格式查询多个关键字来进行批量查询,可以应用Blast搜索选项来审核蛋白质序列以检测相同或同源序列。

该数据库还可以用于富集分析可通过蛋白质富集以及PTM位点富集

这里我们以example1为例点击Submit,得到如下结果:

该数据库还可进行通路分析

通路分析结果

还可以链接到相关的数据库:

免费下载:

该数据库可以作为进一步分析PTM和疾病之间关系的有用资源,这真是一个数据分析的完美的数据库啊!

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