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利用GEDS研究基因、miRNA和蛋白的表达

做实验时检测基因、miRNA和蛋白的表达水平是科研党们的日常。做实验前先查查数据库,看看这个基因、miRNA或蛋白的表达,可以帮助我们少走弯路。查看基因表达的工具有一些,我们公众号也给大家介绍过,如GEPIA,但是miRNA和蛋白表达的数据库工具还是比较少的。
今天给大家介绍一款由华中科技大学郭安源教授团队开发的在线小工具,助力大家的实验:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GEDS/。工具于2019年发表在《Cells》杂志上(没错,真的就只是比Cell多了个s的杂志,IF=5.656)。

它可以帮助我们了解基因、miRNA或者是蛋白在肿瘤、正常组织和细胞系中的表达。
以下是工具的简单介绍。
搜索基因或miRNA表达的姿势如下:

搜索蛋白表达的姿势如下:

然后

另外大家注意一下,因为蛋白定量是用RPPA芯片,也不是所有肿瘤都有,有些蛋白在多种组织中有检测到,有的就会少一些,毕竟蛋白不能扩增啊,所以定量到的蛋白数目是有限的。所以这里会有一些限制,但是对有些同学来说就是福音啦。
以4EBP1为例,可以搜索到它在多种肿瘤组织、正常组织、细胞系中都有表达。
在开头,大家可以看到可以选择查看基因、miRNA或蛋白表达的箱图,也可以点击“Table of expression”,

Figure of expression部分如下:

大家可以在不同的组织间或者不同的细胞系间做一个横向比较。
Table of expression 部分如下:
可以通过点击“Download”下载数据,可以在“Search”位置查看肿瘤或细胞系的表达量。

从数据量和功能上来看,GEDS这个工具比较mini,但是对于想要在数据库工具中找miRNA和蛋白表达数据的同学来说,还是个不错的东西的。祝大家都挖到宝贝,顺利发文章!
笔者在写这篇稿子的时候,脑海里冒出了一个简单的idea,供大家参(tu)考(cao)。当大家阅读文献或者在哪儿看到一个miRNA时,可以先拿到GEDS看看在你所关注的肿瘤里有没有差异表达,如果有那就最好啦,没有咱就换一个。
如果有差异表达,可以用miRNA靶基因预测工具,像TargetScan、miRbase、starBase等等预测工具找找靶基因,然后取这些工具预测出来的基因的交集,多用几个软件,交集就少一些了,然后把靶基因再放到GEDS里来看看是否有差异表达,这时就可以做一个像下面的这种网络图。然后再看看哪些靶基因在GEDS里有蛋白数据,找到那些趋势符合miRNA表达的。就可以进行PCR和WB的实验验证啦。调到合适的,就可以做后续的表型和功能验证啦。如果大家使用这个小工具发了文章,记得引用一下他们的论文哦。
如果对科研的逻辑理不太清,可以加入我们小张聊科研,让我们来帮助大家理清科研思路,早日发文毕业升职加薪!

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