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利用BBCancer挖掘血液中的新肿瘤标志物(Biomarker)

在医院抽血检查辅助诊断疾病时,每个指标都有自己的意义。也有很多指标是用来辅助筛查肿瘤的,像CEA、CA199等等这些都是非常经典的肿瘤标志物。

 
但随着技术的进步,大家都希望能够找出一些更好的biomarker帮助医生更早也更方便地发现肿瘤的来。基于血液的检查,也就是液体活检应该是最方便的检查方式了。对于想要做研究的人来说,一直缺乏一个好的数据库或者工具帮助大家去探索新的biomarker。
 
笔者注意到,近日影响因子高达11分多的《Nucleic Acids Research》online了中山大学发表的一个重磅数据库工具:BBCancer,网址是http://bbcancer.renlab.org
 
BBCancer搜集了6种RNA,包括messenger RNAs(mRNAs)、Long non-coding RNAs(lncRNAs)、microRNAs(miRNAs)、 circular RNAs(circRNAs)、tRNA derived fragments(tRFRNAs)和Piwi-interacting RNAs(piRNAs),涵盖15种不同的肿瘤类型,7184个样本。
 
统计表格放下面了,大家可以看一看有没有自己关注的肿瘤。
 
下面给大家简单介绍一下BBCancer的使用:
 
1. 进入网站后大家可以从“GET STARTED”或“EXPLORE”开始自己的挖掘之路。
 
在“EXPLORE”的“Settings”,大家可以设置RNA类型,或者数据类型,选择是看差异表达还是看表达丰度。
 
然后大家可以在底下的搜索框里检索自己感兴趣的基因或者选择一些已知的基因集,例如”Hormones”、”Metabolic markers”等等,这些基因集都是一些目前研究报道发现具有成为新的biomarker潜力的基因集。
 
当然,大家也可以根据自己的研究或者看到的文献,把新的gene list放进去看一看,或许会有新的发现!真的!
 
在Meta Table这一栏,则展示了具体的数据信息。提醒的是,有些基因由于表达量比较低或者没有进入血液,所以会有一些框框里没有表达值。
 
大家可以选择是Tumor还是Normal,可以在“Filter cancer subtype”框里选择你关注的肿瘤,在“Search by gene symbol”里搜索你关注的基因。
 
如果点击热图里的方块,则会显示这个基因更详细的信息:
 
如所在染色体位置,基因长度,是蛋白编码RNA还是非编码,在哪些肿瘤的血液里有发现。
 
点线图则表示基因表达的排序,数值越小表示表达越高,在所有基因中的排名越靠前。
 
在Differential Expression这一栏则会展示这些基因在肿瘤病人血液和正常人血液中的差异表达结果。
 
”View”栏点击那个眼睛,则会展示一个box图,点击箭头所示的位置,可以下载图片。
 
“Browse”栏,用户可以浏览各个基因和各个肿瘤,点击Full name里绿色字体的基因,可以进去查看详细信息,内容同上。
 
当然,用户可以在“Download”栏下载数据。
 
这款新出炉的数据库就介绍到这里了,祝大家能挖掘到宝贝!

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