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基因表达网站BioGPS使用方法

今天拜读了国内科研大牛曹雪涛院士的一篇nature immunology文章,在introduction部分讲到了课题背景,其中几句话让我眼前一亮,文章中讲到,本本研究的灵感是来自一个基因表达网站BioGPS

 

顿时,我无比激动,是什么神奇的网站,竟能激发出一篇Nature子刊的科研灵感?!我满心欢喜地打开了这个神奇的网站,脑海里浮现的都是各个大牛杂志的接收函。

 

好了,不多扯了,讲正经的!(真的是脑子里的水也灌溉不出心里的逼树啊!)

 

首先进入BioGPS网站(http://biogps.org/#goto=welcome)

 

可以看到,BioGPS的网站主页界面非常简洁,这也便于大家操作,与文章作者一样,我也搜索了Dnmt3a这个基因。搜索后,我们看到的是这样的:

 

选择mouse来源,点击Dnmt3a

 

在当前这栏的gene report中,可以看到,系统默认的Dataset是GeneAtlas。当然这个数据库的选择可以自己选取,点击右边的change Dataset即可。我们可以看到,有9个数据库和2728个数据文库,可以自行选择。

 

在查询界面的主页面有一个可以调节的变焦器Zoom,可以调节基因表达柱状图的高度。

 

在表达谱可以看到是各个不同细胞系中Dnmt3a的表达情况,结果表明,Dnmt3a在巨噬细胞中表达量最高。

 

也正是这个原因,所以本文作者才有灵感探究Dnmt3a在天然免疫中的作用。
其实,这并不是偶然的灵光乍现,在作者的其他文章中也同样用了这个套路。比如说作者的另外一篇nature immunology文章

 

通过这个网站查询,可以看到DDX46在巨噬细胞中表达量也是最高的。

 

还包括近些年才发现的一类胞内的模式识别受体NLRP3,也可以查询到它们的表达量。它在巨噬细胞中的表达也是相当高的。

 

是不是很easy就能找到一个合适的切入点找到课题,想不想试试,赶紧动手吧。

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