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常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库

荧光定量PCR是我们检测RNA表达最常见的实验室四大技术之一,其中引物序列的设计是大家常常遇到的问题,今天我们来介绍几个常用的查询PCR引物序列的数据库。

 

1. Primerbank:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
这个使用起来比较简单,物种只有人和小鼠两个,可以直接根据基因名进行查询:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
也可以根据转录本ID号进行查询:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库

 

2. GETPrime 2.0:http://bbcftools.epfl.ch/getprime

 

常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库

 

前面介绍的Primerbank比较简单,对于一些不常见的lncRNA有可能查询不到,比如这个lncRNA:
CTD-2021A8.3
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
而这个GETPrime 2.0则可以直接查询,而且可以查询多个基因,我们先看CTD-2021A8.3的查询结果,在搜索框输入CTD-2021A8.3:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
结果:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
不仅可以看到rank和引物序列,还可以单击detail查看:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
不仅给出引物序列,还包括了在此中间snp的信息。

 

当然,这个数据库还可以查询多个基因的序列,比如:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
查询结果:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库

常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
这个数据库非常好用,大家可以尝试。

 

3. qPrimerDB:http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/

常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
最后这个qPrimerDb收录的物种有147个,也就是说如果你做真菌、植物、鱼、昆虫、鸟等物种也可以使用这个数据库,大家可以直接根据转录本编号查询:ENST00000000233.9:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
也可以下载收录的所有信息,比如拟南芥中基因的引物信息:
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库
常用的查询各种RNA的PCR引物序列数据库

 

好了,前面的几个数据库我们就介绍到这里,一般的简单查询功能都可以满足了,那几个数据库都查不到的怎么办呢?其实就像我们学作图一样,各种软件和网站可能都能实验,但是要做出自己满意的图片来还是要用代码做,而引物设计的道理也是这样,再说用Primer Premier 等工具设计还是很容易的。——穷则变,变则通,通则久。

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