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利用granatum在线平台做单细胞测序分析全套

单细胞测序技术是一个越来越Popular的技术,这不前两天还有小伙伴来找白介素同学,说是老板想分析单细胞测序的数据,喜欢追热点,让他们去学 R语言,然后小伙伴自然是懵逼。R语言虽好,学习不易啊,不是一蹴而就的。专业生物信息学家也懂大家的痛,这不,单细胞测序数据兴起的时代,大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具,方便你我他。

granatum在线平台地址:http://granatum.dcmb.med.umich.edu:8102/?stateid_=1786597b655a4bfe&tab=info

来来来,先看看大概长啥样:

界面干净清爽,一目了然,各个数据分析步骤都列出了,来示例操作一波,检验下效果如何,假设你有一份单细胞的数据,格式如下:

表达数据:

meta data信息准备一下

准备上传数据了,并且提交:

 

 

移除批次效应,操作简单,随心所欲的点击式完成:

 

PCA和tSNE

选择标准化方法,进行数据标准化:

 

 

过滤低表达基因

 

选择聚类方法,进行聚类,聚类结果可以直接下载

差异分析,提供各种算法的选择:

实际上不需要这么长时间的,稍等几分钟结果就来了

顺手再做个KEGG富集分析

下面的白介素同学不再演示了,总之就是能完成一套分析,但注意不是从原始数据开始的,而是提供了表达矩阵开始的。 个人认为,就应用而言没有必要从原始数据开始,完全可以从表达矩阵开始,自己做适当的个性化分析,这样的工具足够了,比盲目的为了解决yoga分析步骤去傻傻的学了会R语言有效得多。还是那句话,分工协作产生效能,是现代社会的本质。 有实力的研究团队,在这样一个组学时代,当然是需要配备专业生信专家来加速课题进展的。请不起专业的,偶尔用一用在线工具,辅助下分析,挺好的。

聊一下这个分析平台的背景,该平台由夏威夷大学癌症中心等研究团队开发,相关学术论文发表在 Genomic Medicine杂志, IF=8.9. 感谢大佬们开发了这么好用的工具。

内容就分享到这,科研总是乏味,工具总要好用,白介素同学祝大家科研顺利

参考文献:
https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0492-3

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