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文献解读:通过TCGA的数据和生物信息学分析快速灌水发低分期刊

4年前SR还有5分多,还是个挺不错的杂志,PlosOne也还坚挺,能在这俩杂志上面发文章,那都是件很开心的事情,至少笔者看来还是不错的。现在发SR,PlosOne就跟往海里扔颗石头似的,“哦”一下,就不想继续了解了。

当然,我也很清楚,对于一些学校毕业要求不高的同学,一些需要文章晋升加薪的同学来说,影响因子1,2分的文章依然是刚需,对于那些刚刚学做科研的同学来说,也继续一点鸡血打到静脉里保持雄赳赳的斗志。
 
今天,笔者就给大家介绍一篇非常easy的文章,套路非常简单明了,发表在《Pathology – Research and Practice》,杂志影响因子1.794分。
 
首先看标题应该就不难理解这篇文章的内容了,临床价值、预后意义、关键通路鉴定、miR-204-5p、子宫内膜癌,如果你稍微了解科研,应该就能这些要素构成了这篇文章的所有内容了。至于这篇文章的方法,那更是简单,基于TCGA的数据和一些生物信息学分析。
 
文章作者在摘要里说miR-204-5p在子宫内膜癌里表达下调,但机制和通路未知,所以搞它。
首先,作者先看了下这个miRNA在所有肿瘤中的表达情况(所以,为什么是柱状图?不应该是个box类型的图么?没有方差,没有上下分位数,没有统计检验结果,好孩子千万不要这么偷懒)。
 
然后作者用5个miRNA靶基因预测软件找了下miR-204-5p的靶基因做了个韦恩图(starBase1236是咋回事?我猜是1236个基因,但就不能写在旁边一点,写清楚一点么?)
 
然后作者过滤了下基因,要求至少在3个软件中被预测到才作为潜在的靶基因进行GO富集分析,这里的两个图用到的是生信圈网红大神Y叔的clusterProfiler包。
 
同时做了个KEGG的通路富集分析。
 
然后他们用STRING和Cytoscape还有里面的MCODE插件,做了个蛋白-蛋白互作图(PPI)。
 
在上面的PPI图中,他们发现了14个14 node degree genes,然后将这14个基因放到cBioPortal里看了下在子宫内膜癌中的突变情况,
 
然后分析了AP1S2基因的预后,发现这个基因的的表达高低影响病人生存。
 
最后作者在22个病人组织里验证了几个靶基因的表达情况。作者还是很诚实的说明了有些基因没有差异表达。
 
写完这篇介绍文章后,笔者自己在TCGA的数据里看了下miR-204-5p在子宫内膜癌的情况,还是有显著的差异表达的,但是跟生存预后就没什么显著的关系,也难怪作者没有提。
 
如作者在摘要里说的,他们找了下DrugBank中子宫内膜癌的药物(这部分结果就写了一句话,图都没有),做了GO分析,KEGG分析、PPI网络分析,突变分析、预后生存分析和RT-qPCR实验。
 
工作量还是挺小的,能发1.8分的文章也不错,有兴趣的同学可以学习模仿一下,当然要超越这个level也不是什么难事。想更上一层楼,也欢迎加入解螺旋的课程进一步学习、拔高!

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