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miRNA靶基因预测在线预测工具取交集(生信自学网)免费下载

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miRNA靶基因预测

microRNA(miRNA)是一类能够调节基因表达的短单链内源非编码RNA(约22nt),通过与互补的mRNA选择性地结合抑制蛋白的产生,广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体内。

miRNA命名规则

命名包含三部分内容,即物种,microRNA类别、序号。三者间用短线链接。

1、物种一般用三个小写字母表示,如hsa、mmu何rno分别代表大、小鼠、大鼠。

2、MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示,mature miRNA用miR表示

3、序号为一阿拉伯数据,代表microRNA发现的先后。一般而言,数字越小,发现越早。

位于基因组不同部位但产生同样的mature miRNA的pre-miRNA在序号后添加短线和阿拉伯数字以示区别,如hsa-mir-7-1,hsa-mir-7-2,hsa-mir-7-3.

有些pre-miRNA可以产生两个mature miRNA。对应pre-miRNA茎环结构5’和3’序列的mature miRNA分别加后缀-3p和-3p以示区分,如hsa-miR-769-5p和hsa-miR-769-3p.

对于仅相差1-2个碱基的mature miRNA,加一个小写字母后缀以示区别,如hsa-miR-19a,hsa-miR-19b。

靶基因预测方法

miRNA与靶基因的互补性

miRNA把位点在不同物种之间的保守型

miRNA-mRNA双链之间的热稳定性

miRNA靶位点不会有复杂的二级结构

miRNA 5’端于靶基因的结合能力强于3’端。

四大数据库预测原理:

Targetscan:RNA间相互作用的热力学模型与序列比对分析相结合,引入了信号噪声来评估预测结果的准确度。

miRDB:机器学习方法

PicTar:区分“完全匹配种子区”与“不完全匹配种子区”

miRanda:序列匹配,miRNA与mRNA双链的热稳定性,靶位点的保守性。

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