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ImageJ分析血管、神经元等网络结构必备技能

前段日子,导师突然要求我分析叶脉的长度,这让不懂图片分析的我愁眉不展。但是,经过学习机智的我使用ImageJ顺利的解决了这一问题,甩给大家一个分析结果:

 

效果是不是很溜?今天给大家分享这个ImaegJ分析网络结构的必备技能,从此轻松分析血管、神经元等网络结构。

 

所需插件Ridge (Line) Detection Plugin,地址:https://imagej.net/Ridge_Detection。

 

下载ij_ridge_detect-1.4.0.jar插件后将文件置于plugins文件夹下,重启软件即可。

 

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步骤
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ImageJ软件打开待分析图片,Image -> Type将叶脉图片由RGB Color更改为HSB stack图像,HSB分别表示色度、饱和度和亮度,当前显示为Saturation(饱和度):
 
观察叶脉图片色度、饱和度和亮度信息,发现饱和度最能反应叶脉分布:
 
使用Image -> Duplicate复制饱和度图片,点击OK:
 
Image -> Adjust -> Brightness/Contrast调节亮度/对比度:
 
Plugins -> Ridge Detection进入山脊线检测插件:
 

其中必填参数有:
 
其他选填选项可详见插件官网说明。
 
设置参数,其效果如下:

 

点击OK我们可以得到连接点数量、每段网络结构的长度以及网络的总长度等:
 
如果Ridge Detection分析时选择了Add to manager可在原始图片上显示结果:
 
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扩展
//
对于神经元网络或也可进行类似的分析:
 
今天给大家分享这个ImaegJ分析网络结构结构就到此为止了,希望对大家有所帮助,谢谢大家!

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