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DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子

如果miRNA神器只能推荐一个,就是这个了!一文中,我们介绍了一个强大的miRNA的数据库:DIANA Tools(网址:http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software),说明了数据库的四个功能:
  1. microT-CDS:预测microRNA靶基因;
  2. LncBase v.2:根据miRNA预测lncRNA;
  3. miRGen v.3:miRNA启动子和调节因子,比如转录因子;
  4. mirpub:miRNA相关文章;

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今天我们接着看另外几个强大的功能:
  1. 根据多条miRNA来预测信号通路;
  2. 通过查询别人的数据来寻找差异的miRNA分子;

下面我们分别展开说。
 
注意:为了保证网站、工具能使用顺畅,建议用Google Chrome浏览器打开。

一、根据多条miRNA来预测信号通路;

打开DIANA Tools链接,网址见上。选择MirPath v.3,如下图箭头所示:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
打开以后出现下面的界面:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
mirPath的强大之处在于可以选择多条miRNA和多个软件进行分析,下面我们用实例来说明,后面的软件选择TargetScan,还可以选择Tarbase和microT-CDS,先选择TargetScan,再输入hsa-mir-125,
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
好了以后,单击后面的加号DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子,后面出现
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
这里我们选择hsa-miR-125b-5p(关于miRNA的命名可以看梦熊写的帖子:miRNA的名字,到底是什么意思?),选择方式是单击后面的箭头:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
这样第一条miRNA就选择好了:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
接下来我们用同样的方式再添加2条miRNA hsa-miR-135a-5p,hsa-mir-221-3p:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
下面是分析的结果
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
包括信号通路,具体的靶基因信息。
 
另外,还可以选择预测的靶基因的交集和并集,信号通路的交集和并集:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
也可以查看通路和miRNA之间的热图和簇:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
热图结果:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
 
上面这一部分我们说的是KEGG 信号通路富集,同样的方式我们还可以做GO功能注释,就在刚打开界面的旁边:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
与通路一样看GO的结果:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
可以看到每个GO条目的基因:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子

二、通过查询别人的数据来寻找差异的miRNA分子;
 
这部分功能介绍小张在视频直播课里面介绍过,今天给没有听课程的同学再说一遍。
 
这里用的工具是:MirExTra v2.0
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
打开后:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
选择Differential expressoin analysis,即差异表达分析:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子

我们选择使用数据库储存的miRNA数据,即单击箭头的use stored:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
弹出下面的界面:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
这里选择物种 human,两组是Group A 和Group B,输入colon,在弹出的界面中选择正常:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
GroupB 选择
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
选好后单击GO
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
在弹出的界面里面还是选择Differential expression analysis
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
就出来结果了:
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
还可以对miRNA通过mirpath进行通路分析,比如我们单击箭头处,分析下调最显著的10条miRNA(TOP-10 DOWN-regulated miRNAs):
DIANA Tools根据多条miRNA来预测信号通路、寻找差异的miRNA分子
就可以了。

当然,用同样的方法还可以找差异的mRNA,找到了差异的miRNA或者mRNA,我们就可以用套路进行后续的研究了

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