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通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

后台有小伙伴留言问如何查询一个分子在各组织中的表达今天我们就来推荐一个网站:

Expression Atlas

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

网址:http://www.ebi.ac.uk/gxa/home

 

可以用来查询基因、lncRNA、microRNA等分子在各种条件、各种疾病中的本底和差异表达,是一个很趁手的工具。下面我们直接上案例:(图片点开查看更清楚)

 

首先是查询lncRNA CCAT1在肿瘤中的表达:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

 

在首页检索框中输入:CCAT1(lncRNA的名字),物种是homo sapiens,样本特性是输入 Cancer,然后单击箭头处的Search,出来下面的结果:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

 

结果包括本底表达和差异表达两部分,本底表达一般帮助我们选择研究功能的时候是用基因沉默还是过表达策略;而差异表达一般帮助我们选择研究主题。

上面的包括了68株细胞中CCAT1的表达,蓝色越深本底表达越高。

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下面我们看差异表达的结果:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达
左侧上面是实验参数,比如时间、细胞株、临床信息、药物处理,下面是实验重复数量,右侧是差异表达的倍数、实验信息,比如我们看到前列腺癌细胞中CCAT1这条lncRNA在
sulforaphane(莱菔硫烷)处理组比对照组DMSO处理组)的表达量下调3.7倍,校正后的P值为2.28×10-2。

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

 

当然,我们单击这个项目的题目:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

还可以看到更多除了CCAT1这个分子以外的表达信息:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

 

在这里默认的时间点是6h的结构,显示8537个基因中的50个,下载后显示8537个:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

 

当然我们也可以选择其它比较的时间点(24小时莱菔硫烷处理前列腺癌细胞组VS DMSO处理前列腺癌细胞组):


点击Apply以后:

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也可以查看所有基因的MA图,方法如下:

通过Expression Atlas查询一个分子在各组织中的表达

 

选择后显示:

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接下来我们再看一下microRNA

 

同样方式我们发现:RNA测序结果显示mir-221在甲状腺乳头状癌中高表达,上调倍数为2.2倍,p值为0.0429.

 

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好了,内容就到这里,大家在做实验前可以查一下,可以少走很多弯路的。

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