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利用SNP4Disease根据疾病或基因查SNP位点

SNP4Disease: a knowledge database to detect disease associated SNPs

SNP与疾病相关数据库

链接:http://snp4disease.mpi-bn.mpg.de/

下面是数据库的主页:

我们可以直接根据SNP或者疾病进行查询,比如我们需要查询糖尿病相关的SNP位点,就可以在Disease搜索框中输入Diabetes,会自动跳出选项:

我们选择Diabetes MellitusType 2后单击OK

就检索到了3789SNP位点,接下来我们还可以进行筛选,我们单击Next

在跳出来的选项里面,我们可以选择Gene name等信息,也可以进行filter过滤,比如我们选择第一项Show only GWAS(仅显示GWAS)后单击Search

结果就出来了:

我们可以根据关心的问题进行检索,比如我们检索FOXO就可以直接出现了FOXO1基因,

我们单击SNP位点、Pubmed IDEntrezGene IDUniGene可以查到有关的信息:

除了可以直接检索疾病或者基因外,我们还可以通过基因进行检索:

另外,如果我们关心两个疾病之间的关系,我们还可以查找两个疾病共同的SNP位点:

我们这里查询动脉粥样硬化和糖尿病的共同SNP论点,我们看到单独动脉粥样硬化有863SNP位点,而糖尿病有5938个位点,单击Next后发现两者共同的有196个:

单击后就可以看到这196个了:

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