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lncRNA/miRNA的SNP研究的能用到的工具(lncSNP、MirSNP、 lncRNASNP、miRdSNP)

今天我们承接上期文章介绍进行lncRNA或者miRNASNP研究的时候,能用到的工具:

1.     lncSNP 2.0 http://210.46.80.146/lincsnp/search.php

 

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这里我们通过疾病进行检索,单击Disease 以后我们在检索框中输入胃癌 Gastric cancer

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我们看到136条胃癌相关的SNP位点,其中涉及到的lncRNA7146条:

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数据我们可以下载查看。

2.     MirSNP:http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/

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这里的信息就包括了基因、miRNASNP的信息,我们可以通过miRNA进行检索:

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这里我们就看到了gene-miRNA-SNP的关系:

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也就是说SNP导致miRNA与靶基因的结合调控异常从而调控靶基因表达。这样的课题和文章非常多,比如:

 

1.   癌基因FNDC3B的3’UTR长度多态性介导miRNA调控鼻咽癌转移机制的研究 (2016年中标基金)

2.   BER通路基因miRNA结合位点基因多态性与结直肠癌易感性的关联及功能研究(2015年中标基金)

3.   MRP1/ABCC1基因3′ UTR单核苷酸多态性介导miRNA对原发性肝癌多药耐药性的影响 (2014年中标基金)

4.   TRIOBP基因miRNA结合位点SNP对职业噪声性听力损失易感性的作用研究(2013年中标基金)

 

当然,这个数据库还可以让我们进行批量检索:

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比如我们通过多个基因进行检索:

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3.     lncRNASNP:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/

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比如:

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就可以通过snp查询miRNA以及lncRNA

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以及SNP位点的存在对miRNAlncRNA结合的影响:

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这个数据库可以帮我们提出科学假说:由于SNP位点的存在,导致lncRNA与miRNA之间的结合异常,从而导致lncRNA对miRNA的sponge吸附作用异常,进而与疾病的发生发展产生联系。

 

4.     miRdSNP:http://mirdsnp.ccr.buffalo.edu/index.php

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我们可以通过GenemiRNASNP和疾病进行检索:

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比如我们选择Stroke,就检索到了相关的分子:

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总结:以上介绍的四个数据库再加上前面介绍的SNP4Disease可以帮我们建立从疾病到SNP位点的联系,至于SNP位点如何与疾病的发生发展相关,则要根据SNP所在的位点来确定。我们前面写过一篇介绍,大家可以参考:

突变位点在非编码区,这可怎么办?

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