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总结lncRNA常用数据库(下)

今天我们承接lncRNA常用数据库大盘点(上)和(中)篇,接续盘点lncRNA的常用数据库。
1. lnCaNet: http://lncanet.bioinfo-minzhao.org/index.html
LncRNA-Cancer Gene Co-Expression network
lncRNA与肿瘤基因共表达网络network
可以根据肿瘤基因检索在肿瘤中共表达的lncRNA,
检索P53

 

在不同肿瘤样本中与P53表达相关的lncRNA:
2. LncReg: http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/
a reference resource for lncRNA-associated regulatory networks.
比如检索lincRNA-P21调控相关分子:
内容包括了物种、调控水平(转录和转录后)、上调和下调、实验方法以及参考文献。
3. Co-LncRNA: http://www.bio-bigdata.com/Co-LncRNA/

investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.

数据库基于108个GEO来源的数据库以及133个TCGA数据库进行分析。

不仅可以选择这108个GEO数据和133个TCGA数据和lncRNA进行分析
比如分析肺癌样本中与lncRNA MALAT1(ENSG00000251562)表达相关的基因:

 

点开表达模式

还可以分析你的数据:
相当强大。
4. lncACTdb: LncRNA-associated Competing Triplets Database
http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/
可以查询lncRNA-miRNA-Gene这一调控关系(比如用于ceRNA相关研究

以lncRNA NEAT1为例,找到microRNA和BCL2,CASP8等基因。
还可以进一步对这些基因的功能进行分析,以了解lncRNA NEAT1对应的信号通路:
以及通路中对应的分子

或者GO条目

5.LncRNAWiki: http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page
harnessing community knowledge in collaborative curation of human long non-coding RNAs. lncRNA的维基百科社区

6. SNP@lincTFBS: http://210.46.85.180:8080/SNP_linc_tfbs/

an integrated database of polymorphisms in human LincRNA transcription factor binding sites.可检索lncRNA、转录因子结合位点和SNP。

可以直接通过lncRNA进行检索
找到四个转录因子和1个SNP位点,这个数据库可以与lncRNASNP结合使用,
7. lncRNome: http://genome.igib.res.in/lncRNome/

a comprehensive knowledgebase of human long noncoding RNAs.

以UCA1为例
找到以下信息:
包括组蛋白修饰、lncRNA与蛋白的作用、SNP等信息:
组蛋白甲基化修饰信息

SNP信息

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