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利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析

我们把基础科研的层次分为四部分:临床、细胞、动物和分子,在临床样本出发的研究中,我们介绍过三步骤:1. 找差异;2. 分析相关性 3. 预后分析。对大家来说,临床部分常常遇到的问题就是样本量不够,比如自己只能收到20对样本,这时我们还有两个选择:

1. 从商业化的公司购买样本,比如组织芯片;

2. 从公共数据库(比如TCGA)中挖掘数据。

 

其实,我们看到的高分文章常常就是把这三部分整合起来用,比如:CCR这篇文章:

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第一个figure:

利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析

甚至直接只用数据库的结果,今天我们就从一篇文章开始说起:

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这篇文章是2017年3月份发表在Oncotarget杂志的文章,说的是STAT家族的七个分子作为乳腺癌标志物的主题,我们看文章的内容:

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fig1 七个STAT因子在不同肿瘤中的表达(数据来源于Oncomine)

 

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fig2 七个STAT因子与SBR(Scarff Bloom & Richardson grade status)的关系

 

利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析

fig3 七个STAT因子与乳腺癌预后(RFS)的关系(KM Plotter)

 

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fig4 乳腺癌中STAT3表达与突变(预后)分析(cBioPortal)

就这样,大家已经看到了,文章用了Oncomine,KM plotter,TCGA等数据库,挖掘下来就把4个图给找出来了,是不是一方面觉得Oncotarget名副其实的灌水(鄙夷脸),另一方面在想:即使是灌水,我要是也能灌几篇也可以(沉思脸)。

所以,今天我们就来用工具跟大家说说这些图的做法,今天我们说的这个是:fig 3 七个STAT因子与乳腺癌预后(RFS)的关系(KM Plotter)中如何用网站直接做:

 

利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析

这个网站是:Kaplan Meier Plotter(http://kmplot.com/analysis/),打开后页面如下:

利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析

划重点了,网站可以进行四个癌种:乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌的mRNA表达和乳腺癌miRNA的预后分析。

 

下面我们看怎么把fig3的图给重复出来,我们以P值小于0.05的STAT2 为例:

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接下来:

利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析

选好最后的Draw Kaplan-Meier Plot后就出来了:

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跟文章里面的结果有些不同,是由于数据库更新造成的,不过logrank P都小于0.05,都有意义:

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其它的内容我们下次再说,大家感兴趣的也可以通过课程来听,小张都放到课程里面了:

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评论列表(2条)

  • ligpsq918
    ligpsq918 2020年3月2日 上午12:02

    oncotarget是不是已经凉了

    • 服务生
      服务生 回复 ligpsq918 2020年3月2日 上午12:05

      Oncotarget应该是凉投了,已经在2017年7月份被剔除Medline收录后,2018年初又被剔除SCI收录。虽然2019年年初有消息称Oncotarget要重回SCI期刊,后来不知道怎么的被镇压下去了。但利用Kaplan Meier Plotter在线做生存分析这个方法在其他一些期刊的文章中也是经常出现的。

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