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如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

小张最近与大家交流的时候发现一个现象甚是奇特:大家常常问比较类似的问题,比如前几天写过的为什么lncRNA总是干扰不掉如何通过疾病查信号通路如何通过信号通路和疾病查microRNA和靶基因等等,再比如今天这个怎么查lncRNA的序列?些应该都是常遇到的问题,所以欢迎大家提问,小张把问题整理后单独写文章来解答。

我们以前介绍过lncRNA的命名方式,我们知道lncRNA的命名方式比较多,所以lncRNA会以各种名字出现,我们也可能用到各种数据库。

 

我们先从最简单的开始,比如我们从文献里面看到的lncRNA名字:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

第一步先看lncRNAdb数据库(http://www.lncrnadb.org/):

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点击search,选择ANRIL:

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在结果里面最下面:

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单击show sequence:

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就可以了。

当然,有很多lncRNA在这个数据库中没有收录,所以一般我们用来查用的最多的lncRNA。

 

比如lncRNA AF147447就是一条相对很新的lncRNA:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

我们在用lncRNAdb查的时候是没有收录的:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

那我们考虑用UCSC:https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks

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输入AF147447后单击后面的go就出来下面的信息了:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

这里我们单击红框里面的信息:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

再单击红框:

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在下面的信息里面我们看到 AF147447与RP11-361L15.3ENST00000623356.1是同一条lncRNA,染色体上位于:chr16:66,944,660-66,945,我们点击红色箭头处可获取AF147447序列:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

UCSC是一个很强大的数据库,我们以前介绍过(这是一个神奇的网站:UCSC Genome Brower)。

补充一下:我们看到使用UCSC可以查询lncRNA的形式包括:

AF147447;

RP11-361L15.3

ENST00000623356.1等等,甚至可以直接根据染色体位置检索:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

这里需要注意的是UCSC检索的基因组版本与lncRNA来源标注的基因组版本需要一致,当然,像ANRIL这种也是可以的:

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这里再说明下,上次有位同学留言问一条linc0949说找不到,我们用pubmed检索了下:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

发现linc0949与ENST00000500949 是一条lncRNA,然后用ENST00000500949 来检索:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

点开后发现ENST00000500949 又叫OIP5-AS1,

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

OIP5-AS1还是有两篇文章的:

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

因此,lncRNA可能以各种形式出现,你用一个名字可能检索不到,换个名字可能就行了。总之是上穷碧落下黄泉,哪里找到都可以。

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