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hemi.biocuckoo.org蛋白质和核酸结构域作图

今天给大家安利一个网站:http://hemi.biocuckoo.org

网站功能非常强大,今天主要介绍三个神器:用于蛋白质翻译后修饰位点预测PTMs Predictor,用于蛋白质和核酸结构域作图IBS (Illustrator for BioSequence),以及绘制热图的工具Heml (Heatmap Illustrator)。

 

在打开的上面的页面中,三个工具的位置如下:

下面我们一个一个来看。

 

 

Part1: PTMs Predictor

 

这个神器是用来预测蛋白质的翻译后修饰的,平时我们最常见的蛋白质修饰方式就是磷酸化,蛋白质的磷酸化常常导致信号通路激活或者一直。当然,这个神器的功能不仅仅是预测蛋白的磷酸化位点,我们看到还包括了棕榈酰化、

sumo化等等。那么具体怎么用这个工具呢?

 

下面我们以磷酸化为例来展示,我们选择PTMs Predictor下的第一个工具GPS,然后单击Download:


在出现的界面中选择不同操作系统对应的软件:

下载后安装,另外在User Guide里提供了常见的一些问题的答案。

 

软件下载后打开,界面是这样的:

输入蛋白序列后,勾选所需预测的激酶,设置阈值,即可得到预测的位点,以及相应的参数。

 

对于不同的激酶有不同的阈值设置:

高阈值是通过哺乳动物磷酸化位点的大规模预测来验证的,结果可信度更高;中等阈值则包括了小规模实验中的实验结果;

低阈值包括了全部实验结果。

部分参数说明:

Score:通过GPS软件的算法来评估磷酸化的可能性。该值越高,残基被磷酸化的可能性越大。

Cutoff:阈值以下的截止值,不同的阈值意味着不同的精度,灵敏度和特异性。

 

Part2:IBS (Illustrator for BioSequence)

先点开IBS,再Download就可以免费下载,User Guide里提供了非常详细的功能介绍视频演示,包括总体介绍:Overview,蛋白质模式和核苷酸模式三个(原视频没有语音)。

 

Overview

http://ibs.biocuckoo.org/videoguide/Overview/overview.htm

 

蛋白质模式 

http://ibs.biocuckoo.org/videoguide/Protein%20Mode/Protein%20seq.htm

 

核苷酸模式

http://ibs.biocuckoo.org/videoguide/Nucleotide%20Mode/nucleotide.htm

 

 

Part3:Heatmap Illustrator

Load数据时,调整文件格式为TXT,然后X,Y轴选择1列,再Autoselect选中全部数据,Finish即可生成热图。

 

上方Option中可以调整算法、色阶,右方Set可以设置色阶的颜色,最多4色过渡,常用的为3色(个人比较喜欢红白蓝三色)。下方可以调节热图大小,以及左右距离,还有聚类。(每次设置后需要点击REFRESH进行画面更新)

总的来说Heml是一款非常简洁易用的热图绘制软件。

除特别注明外,本站所有文章均为SCI666原创,转载请注明出处,谢谢。sci666 » hemi.biocuckoo.org蛋白质和核酸结构域作图

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