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单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

单细胞测序技术是当下的一个热点,发了不少大文章,逐渐成为 CNS 的标配了。目前,单细胞测序相对来讲还是属于比较昂贵的技术,没钱做不起怎么办?

不用担心,有很多数据库可以用!比如:

  • HCPortalen (网址:http://single-cell.clst.riken.jp),一个人类与小鼠的单细胞测序数据库;

  • scRNASeqDB(网址:https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/)一个专门收集人类单细胞测序数据的数据库。

关于这两个数据库大家可能比较熟悉了,不过今天这里我们要再介绍一个新的数据库,让大家了解如何用这个神器来挖一挖单细胞测序数据。

基本情况

今天要介绍的数据库是:Single Cell Portal

 

这个数据库是由大名鼎鼎的 Broad 研究所建立的,网页上的打出的宣传口号是 Reducing barriers and accelerating single-cell research,扫除障碍,加速单细胞研究!

 

这个数据库的首页非常简洁,包括数据检索框,分为按 study 或者 gene 进行检索。其次是将 study 按条目进行展示。

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

 

该数据目前已经收录的单细胞测序数据已经达到 99 个 study 和 3,474,969 细胞,并且还在持续增加。下面来进行简要的演示,帮助大家快速了解数据库的基本情况:

检索功能

 

例如按 study 检索 human,  会检索得到相关的 study,然后点击条目可以进入到 study 的一个基本情况,我们这里选择一个进入:

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

这里我们可以看到 study 的一个基本情况,是由美国的一个研究团队关于气道上皮的一个单细胞测序研究数据。

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

然后给出了这个 study 的一个基本的摘要情况,我们还可以获悉,这个数据也是已经上传到 GEO 数据库的,并且给出了相应的链接。

可视化探索功能

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

找到相应的 study,点击 explore,可以进行可视化的展示,如展示细胞的分类。

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

 

可以探索基因集在不同细胞亚组的表达情况。

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

对基因集作聚类热图的展示,当然这些基因集是可以选择的,并且热图也可以进行相应的调整。

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

基因集在主要细胞亚型中的表达情况展示,图还是相当高质量的。

数据下载功能

 

单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

 

找到对应的 study 直接进入 download 页面,比如这个页面,它就包括了基因表达矩阵,细胞聚类情况数据,marker 基因数据,实验设计及格式信息都包括在内,这里就不去下载了,大家可以自己去下载相应的信息看看。另外要提一点,有些数据集可能是不开放的,就无法下载。

 

最后,如果你有新的想法,或者能结合下自己的研究,可以考虑下载相应的数据去挖一挖了!

 

本期的内容就到这里,白介素 2 祝大家挖得愉快!

 

附上数据库网址https://portals.broadinstitute.org/single_cell

 

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