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单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

单细胞测序技术是当下的一个热点,发了不少大文章,逐渐成为 CNS 的标配了。目前,单细胞测序相对来讲还是属于比较昂贵的技术,没钱做不起怎么办?

不用担心,有很多数据库可以用!比如:

  • HCPortalen (网址:http://single-cell.clst.riken.jp),一个人类与小鼠的单细胞测序数据库;

  • scRNASeqDB(网址:https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/)一个专门收集人类单细胞测序数据的数据库。

关于这两个数据库大家可能比较熟悉了,不过今天这里我们要再介绍一个新的数据库,让大家了解如何用这个神器来挖一挖单细胞测序数据。

基本情况

今天要介绍的数据库是:Single Cell Portal。

 

这个数据库是由大名鼎鼎的 Broad 研究所建立的,网页上的打出的宣传口号是 Reducing barriers and accelerating single-cell research,扫除障碍,加速单细胞研究!

 

这个数据库的首页非常简洁,包括数据检索框,分为按 study 或者 gene 进行检索。其次是将 study 按条目进行展示。

 

 

该数据目前已经收录的单细胞测序数据已经达到 99 个 study 和 3,474,969 细胞,并且还在持续增加。下面来进行简要的演示,帮助大家快速了解数据库的基本情况:

检索功能

 

例如按 study 检索 human,  会检索得到相关的 study,然后点击条目可以进入到 study 的一个基本情况,我们这里选择一个进入:

 

这里我们可以看到 study 的一个基本情况,是由美国的一个研究团队关于气道上皮的一个单细胞测序研究数据。

 

然后给出了这个 study 的一个基本的摘要情况,我们还可以获悉,这个数据也是已经上传到 GEO 数据库的,并且给出了相应的链接。

可视化探索功能

 

找到相应的 study,点击 explore,可以进行可视化的展示,如展示细胞的分类。

 

 

可以探索基因集在不同细胞亚组的表达情况。

 

对基因集作聚类热图的展示,当然这些基因集是可以选择的,并且热图也可以进行相应的调整。

 

基因集在主要细胞亚型中的表达情况展示,图还是相当高质量的。

数据下载功能

 

 

找到对应的 study 直接进入 download 页面,比如这个页面,它就包括了基因表达矩阵,细胞聚类情况数据,marker 基因数据,实验设计及格式信息都包括在内,这里就不去下载了,大家可以自己去下载相应的信息看看。另外要提一点,有些数据集可能是不开放的,就无法下载。

 

最后,如果你有新的想法,或者能结合下自己的研究,可以考虑下载相应的数据去挖一挖了!

 

本期的内容就到这里,白介素 2 祝大家挖得愉快!

 

附上数据库网址https://portals.broadinstitute.org/single_cell

 

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