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科研论文中如何画出高大上的小分子化合物-蛋白对接构象图

是不是省市级的标书要开始了?是不是前期研究基础看上去…..不那么高大上?是不是在想找一种图科主任看了不知道所云的图?给大家推荐一种看上去很高大的图:小分子化合物蛋白对接构象图。做出来的效果如下图。

 

不要在乎这个图怎么看,这不重要,重要的是,科主任觉得你…..是个“人才”。

适合对象:手上有个想要研究的小分子化合物,例如:姜黄素、碳酸酐酶;另外有想要研究的靶蛋白,例如:TLR4BMPII。想研究姜黄素和BMPII是怎么结合的。

预测小分子化合物的对接的网站有很多,比如DockingServer, Blaster, dockingatutmb, pardock, patchdock, metadock,ppdock, medock等,SwissDock只是其中一种,虽然功能没有其他的强大,但是它估计是最简单最容易上手的。

 

 

我们来举个例子,我的研究对象是姜黄素(一种小分子药物),BMPII是靶蛋白,首先打开SwissDock,选择submit docking,界面也很清爽,在target里面输入靶蛋白,在ligands里面输入配体名(即小分子化合物)。选择最下面的startdocking就可以了。

 

 

备注:

1)靶蛋白结构的选择可以通过其在蛋白质数据库中选定或者上传蛋白结构进行。如果不太熟悉三维结构,那么可以查询PDB代码(PDB是个蛋白质结构的数据库),如果靶蛋白有多个PDB记录,那么需要阅读每个PDB代码后的解释,找到跟自己实验对应的,或者结构最为完整的那个蛋白结构,还有认为是找那些分辨率且配体与目标对接物相类似的PDB文件。熟悉三维结构的同志可以直接上传三维结构。

2)配体小分子要么在ZINC数据库中找到相应的小分子结构,要么自己上传结构文件。前者适用于不熟悉分子化学结构的,后者适用于熟悉化学结构的。

接着是等待的时间,结果会发送至大家的邮箱里。具体多长时间能出结果,看运气,几个小时到几天不等(下面是一张示意图,这是一张什么都没动网站自己给的图),我们优先选G最低的对接模型,因为当蛋白质和小分子的结合越紧密,其释放的能量越大,G值越低。

 

 

如果你想在上图基础上有所改动,比如下面这样的,

 

或者这样的(这张图是说小分子化合物与配体相对接是的氨基酸残基是第338位天冬酰胺(ASN338),小分子化合物和ASN338的距离是3.5AA上还有个o打不出来,anyway这不重要,重要的是你看上牛逼拉轰的)。

那你需要放点血买个PyMOL软件(1000块上下)。Swissdock网站是不要钱的,但进一步分分析出后面两个图是要钱的,主任肯定是不会给大家掏钱的,大家可以考虑自掏腰包。

最后说下这种花花绿绿的图如何看。好了,大家自己慢慢倒腾吧,总体来讲不算很难。当然加进毕业论文里面也是非常好看的。

 

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